Apparue dans la première moitié du 20e siècle en tant que nouvelle discipline ayant l’ambition de croiser agronomie et écologie, l’agro-écologie a aussi été associée à un ensemble de pratiques et de modèles agricoles. Elle considère les systèmes de culture et d’élevage comme des écosystèmes dans lesquels le milieu naturel est transformé par des pratiques agricoles qui, ré- ciproquement, s’adaptent au milieu. Elle cherche à comprendre le fonctionnement de ces systèmes pilotés par l’homme, qui utilisent des ressources naturelles et reposent sur un tissu d’interactions entre êtres vivants. Inscrite dans la Loi d’avenir pour l’agriculture de 2014, l’agro-écologie est essentielle pour concevoir et mettre en œuvre des systèmes de production qui combinent des hauts niveaux de performance productive, économique, environnementale, sanitaire et sociale. La transition ainsi engagée se déroule dans un contexte de dérèglement climatique. Celui-ci accentue dès maintenant les disparités entre régions agricoles européennes, avec des effets plutôt positifs en Europe du Nord et plutôt négatifs en Europe du Sud et Centrale, mais toutes les régions européennes seront touchées par une variabilité climatique accrue. La question se pose donc des interactions entre la dynamique des systèmes agricoles, des filières et des territoires et la dynamique du climat. L’agriculture est impactée par le changement climatique ; elle y contribue également par des émissions de gaz à effet de serre (GES). L’enjeu est qu’elle devienne une source de solutions (par exemple, une baisse de l’ordre de 20 % des émissions de méthane et de protoxyde d’azote serait possible sans qu’elle n’affecte la production agricole).